Por lo que haciéndoles algunas correcciones a los mismos se puede tener los players funcionando perfectamente y que a su vez pasen el validador (en modo STRICT) .. magia!!

Vamos a lo técnico entonces:

En el caso de YouTube, a la hora de embeber un video, vas a tener algo así:


<object classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000" width="425" height="344" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,40,0">
  <param name="allowFullScreen" value="true" />
  <param name="allowscriptaccess" value="always" />
  <param name="src" value="http://www.youtube.com/v/V40IUg8pCho&hl=en&fs=1&" />
  <param name="allowfullscreen" value="true" />
  <embed type="application/x-shockwave-flash" width="425" height="344" src="http://www.youtube.com/v/V40IUg8pCho&hl=en&fs=1&" allowscriptaccess="always" allowfullscreen="true"></embed>
</object>


Ahora bien, haciéndole los retoques necesarios para poder validar nos quedaría algo así:


<object type="application/x-shockwave-flash" width="425" height="350" data="http://www.youtube.com/v/V40IUg8pCho&hl=en&fs=1&">
  <param name="movie" value="http://www.youtube.com/v/V40IUg8pCho&hl=en&fs=1&">
</object>


En el caso de los reproductores de imeem es lo mismo, partiendo de un código como este:


<object classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000" width="300" height="110" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,40,0">
  <param name="wmode" value="transparent" />
  <param name="src" value="http://media.imeem.com/m/3qdaxCK5Pn/aus=false/" />
  <embed type="application/x-shockwave-flash" width="300" height="110" src="http://media.imeem.com/m/3qdaxCK5Pn/aus=false/" wmode="transparent"></embed>
</object>


Se tendría que reemplazar con algo así:


<object type="application/x-shockwave-flash" width="300" height="110" data="http://media.imeem.com/m/3qdaxCK5Pn/aus=false/">
  <param name="wmode" value="transparent" />
  <param name="src" value="http://media.imeem.com/m/3qdaxCK5Pn/aus=false/" />
</object>


Y listo, con eso basta ; si quieren pueden echar un vistazo a este ejemplo o a este para ver como quedan.